为了评价普通野生稻自然居群遗传多样性，用24对SSR引物对5个保护居群（江西东乡庵家山JXD、湖南茶陵HNC、湖南江永HNJ、广东高州大岭GDD、海南儋州HND）和3个未保护居群（广西武宣GXW、广西来宾GXL、广东高州朋山GDP），共计356个单株进行了遗传多样性分析。24个位点均表现为多态，其中18个位点表现杂合子不足，RM339位点观察杂合度最高，RM336位点预期杂合度最高。SSR分析结果表明，8个居群的遗传多样性都较高，其中5个保护居群的Ae变幅为1．780（JXD）～2．504（HNJ），肌变幅为0．397（JXD）～0．555（HNJ）；3个未保护居群Ae变幅为2、153（GDP）～3．226（GXL）．He变幅为0．492（GDP）～0．640（GXL）。5个保护居群与3个未保护居群之间的遗传距离较大（0．6585）。这说明虽然有些居群得到了保护，但未保护居群的保护、收集价值仍然很大。居群间遗传分化明显（Fst=0．399），居群间遗传距离最小的HNJ居群与GXL居群的相似系数也只有0．43。F一统计显示所用居群都偏离了Hardy—Weinbery平衡（Fis=0．147），其中GDD、GDP、HND居群Fis〈0，表现为杂合子过剩；居群JXD的Fis为0．109，表现轻微的杂合子缺乏；HNC、HNJ、GXW、GXL的F括〉0，Fis值变幅为0．315（GXW）～0．473（HNJ），说明这4个居群中杂合子不足，可能与这些居群自交比例高有关。