摘要
采用14对SSR引物对江西省9个枫香古树群体的222个单株进行毛细管电泳测序,利用GenAIEx、CERVUS和Structure软件,进行遗传多样性与聚类分析。结果表明14个SSR位点平均观测等位基因数(Na)为8.143个,平均有效等位基因数(Ne)为2.819个,Shannon信息指数(I)平均值为1.009,平均期望杂合度(He)和观测杂合度(Ho)分别为0.504和0.470,多态信息含量(PIC)平均值为0.513。宁都(ND)群体具有最高的遗传多样性(He=0.551),湾里(WL)群体的遗传多样性最低(He=0.394)。在地区水平,赣南(He=0.534,n=8)和赣北(He=0.505,n=14)地区具有较高的遗传多样性和特有等位基因;赣中地区具有最低的遗传多样性(He=0.473)和最少的特有等位基因(n=2)。分子方差分析(AMOVA)结果表明枫香群体内变异为92%,显著高于群体间变异8%,与遗传分化系数(Fst=0.133)一致,有可能是较高的基因流造成的(Nm=2.995)。主成分分析和聚类分析表明9个群体可分成3大类群,不同枫香古树群体间存在较为强烈的基因渐渗。研究结果为枫香古树的利用及保护提供科学依据,在今后的枫香育种工作中,要加强对枫香古树个体的保护,可以加强在赣北、赣南地区群体内开展优树选择,有可能含有特定的基因类型资源,可以获得更大的遗传增益。
古树是指树龄在100年以上,受人类文化影响而保存下来的树
国外开展古树研究工作较早,德国、美国等将大于50年的树木列为古树,而且提出了“遗产树”的概
江西省属于亚热带东部湿润气候以及亚热带中心地带,低山和丘陵地区是保存和繁衍古老孑遗物种的重要地区之
随着科学进步及生物技术的发展,遗传多样性的检测手段也得到了提高和改进。从最初的形态标记,逐步发展到细胞学标记、生化标记以及分子标记。分子标记可直接检验生物间在DNA水平上的差异,因为不受组织类别、发育阶段、环境条件的影响,而且具有数量多、多态性高等优点,已经被广泛用于植物遗传多样性研
根据文献查阅及踏访,共采集到江西省赣北(玉山YS、婺源WY、德兴DX),赣中(永丰YF、靖安JA、湾里WL)和赣南(龙南LN、宁都ND、大余DY)地区共9个群体的222个单株(
编号 Code | 群体 Population | 地区 Region | 株数 Sample size |
---|---|---|---|
YS | 玉山 | 赣北 | 26 |
WY | 婺源 | 赣北 | 26 |
DX | 德兴 | 赣北 | 10 |
YF | 永丰 | 赣中 | 25 |
JA | 靖安 | 赣中 | 32 |
WL | 湾里 | 赣中 | 8 |
LN | 龙南 | 赣南 | 31 |
ND | 宁都 | 赣南 | 34 |
DY | 大余 | 赣南 | 30 |

图1 古树图片
Fig.1 Ancient tree picure in filed
采用CTAB法提取枫香叶片的基因组DNA,使用1%琼脂糖凝胶电泳检测其完整度,用紫外分光光度计测定DNA浓度及纯度。最后将电泳条带清晰,基因组的纯度高、完整度好的DNA模板稀释到50 ng/µL,放在冰箱-20 ℃保存备用。
本试验所用引物参考孙荣
SSR位点 SSR locus | 引物序列(5'-3') Primer sequence(5'-3') | 重复单元 Repeat motif | 退火温度(℃) Annealing temperature | 片段长度(bp)Fragment length | 荧光类型Fluorescent dye |
---|---|---|---|---|---|
LFL80 | F:CCTAGGTACCCCAGCAAGGT | (CT)30 | 59.3 | 295 | ROX |
R:GATAATGTGGGGGATTGGTG | |||||
LFL34 | F:CAGCAGCTGCAGAGGAAGAT | (CT)9 | 57.8 | 187 | HEX |
R:GCCATTCTGATGCTTGGTTT | |||||
LF29 | F:GACAGACCCTCAGAGTTGCC | (AGA)6 | 58.3 | 138~144 | FAM |
R:GTTGAACGCCTCTTCTGCTG | |||||
LFL12 | F:TCCCTATGGAATGCAGGAAG | (AG)12 | 54.1 | 196 | ROX |
R:AGCTGCAGAACTCAATGGAA | |||||
LFL86 | F:TTTGGACACGCCAATATCAA | (TATT)5 | 51.6 | 244 | TAMRA |
R:CCCATGCTCCACAAAAATCT | |||||
LF37 | F:TCGCCTCTGTCCTCTCCTAC | (AAC)5 | 58.5 | 163~178 | HEX |
R:ATGTGCCAGATGTGTTCCGT | |||||
LF69 | F:AAATAAGCCCTGACGGTGGC | (TGG)6 | 58.3 | 169~205 | HEX |
R:GAGACAAAGTGCGGTGGTTG | |||||
LF3 | F:TGCGAATCACTGGTCGAATCA | (TCT)8 | 56.5 | 138~144 | FAM |
R:TCCAACAAGTCAACAACAGCA | |||||
LF19 | F:TAGAACGCCGACTCAAGTGG | (GCA)7 | 57.2 | 222~240 | TAMRA |
R:AAGTTGTTCTGGGCATGGCA | |||||
LFL90 | F:CGCTTAGCCATGGAATTTACC | (GA)9 | 53.9 | 200 | TAMRA |
R:GGTCGATCGCTTCTATGTTCA | |||||
LF62 | F:GGTTGCTCTTGTTGGGTCCT | (TGA)7 | 58 | 157~160 | FAM |
R:CAGCCTCACTCAGCCAAGAT | |||||
LF17 | F:TCTGGTTATCTCGGGGCAAC | (GCC)6 | 57.2 | 214~232 | HEX |
R:TGTCAACCAATCTGCCGGAA | |||||
LF40 | F:CCCACCTCAAGCAAGAACCA | (AGA)5 | 58 | 230~233 | TAMRA |
R:GCCGTGGAGAATGAGAGGTT | |||||
LFL89 | F:TAGGGGAAATGGTGGTTGTG | (GA)13 | 54.8 | 192 | FAM |
R:CCCTTTCTCGTACCCATTCA |
()里字母代表基序类型,()外数字代表重复的数量
The letter in () represents the motif type, and the number outside () represents the number of repeated
采用Touchdown程序进行PCR扩
采用GeneMaker 2.2.0(SoftGenetics LIC, State College, PA, USA)软件读取SSR标记片段大小。采用GenAIEx6.5
利用Structure2.3.
14个SSR位点在枫香古树9个群体222个个体中共检测到114个等位基因。观测等位基因数(Na)变化范围为3~22个,平均每个SSR位点上有8.143个等位基因。LFL80位点观测等位基因数最多,为22个,而LF40位点等位基因数最少,仅为3个。平均有效等位基因(Ne)范围是1.172(LFL90)~8.912(LFL80),平均Ne值为2.819。Shannon信息指数(I)变化范围为0.369(LFL90)~2.240(LFL80),平均值为1.009。观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)变化范围分别为0.198(LFL90)~0.926(LFL80)和0.204(LFL90)~0.872(LFL80),平均值分别为0.470和0.504。除LFL80、LF29、LFL12、LF37、LF17、LF40和LFL89外,其余7个位点的Ho都小于He,说明这些位点存在不同程度的杂合子缺失。多态信息含量(PIC)变化为0.212(LFL90)~0.926(LFL80),平均值为0.513,其中2个位点(LFL90和LF40)具有较低多态性(PIC≤0.25),7个位点(LFL80、LFL34、LFL12、LF37、LF19、LF17和LFL89)具有高多态性(PIC>0.5),其余5个位点(LF29、LFL86、LF69、LF3和LF62)具有中等多态性((0.25<PIC≤0.5)(
位点 Locus | 等位基因数Na | 有效等位基因数Ne | Shannon信息指数I | 观测杂合度Ho | 期望杂合度He | 多态性信息含量PIC |
---|---|---|---|---|---|---|
LFL80 | 22 | 8.912 | 2.240 | 0.926 | 0.872 | 0.926 |
LFL34 | 12 | 4.614 | 1.691 | 0.466 | 0.776 | 0.781 |
LF29 | 5 | 1.519 | 0.538 | 0.338 | 0.328 | 0.307 |
LFL12 | 10 | 3.444 | 1.385 | 0.732 | 0.676 | 0.706 |
LFL86 | 4 | 1.864 | 0.790 | 0.238 | 0.460 | 0.477 |
LF37 | 5 | 2.240 | 0.962 | 0.624 | 0.532 | 0.513 |
LF69 | 8 | 2.121 | 0.885 | 0.429 | 0.506 | 0.474 |
LF3 | 6 | 1.614 | 0.654 | 0.270 | 0.368 | 0.334 |
LF19 | 7 | 2.103 | 1.012 | 0.463 | 0.505 | 0.566 |
LFL90 | 4 | 1.172 | 0.369 | 0.198 | 0.204 | 0.212 |
LF62 | 5 | 1.478 | 0.508 | 0.259 | 0.271 | 0.266 |
LF17 | 7 | 2.298 | 0.917 | 0.517 | 0.516 | 0.554 |
LF40 | 3 | 1.412 | 0.453 | 0.277 | 0.263 | 0.246 |
LFL89 | 16 | 4.675 | 1.723 | 0.840 | 0.776 | 0.813 |
均值 Mean | 8.143 | 2.819 | 1.009 | 0.470 | 0.504 | 0.513 |
9个枫香古树群体观测等位基因数(Na)变化范围为2.286(WL)~5.929(YS),平均值为4.627个。有效等位基因数(Ne)变化范围为2.034(WL)~3.334(JA),平均值为2.819个。Shannon信息指数(I)变化范围为0.677(WL)~1.153(ND),平均值为1.009。观测杂合度(Ho)变化范围为0.391(WL)~0.537(DX),平均值为0.470。期望杂合度(He)变化范围为0.394(WL)~0.551(ND),平均值为0.504,表明江西省枫香古树具有中等的遗传多样性(
群体 Population | 地区 Region | 等位基因数Na | 有效等位基因数Ne | Shannon信息指数I | 观测杂合度Ho | 期望杂合度He | 特有等位基因Private alleles |
---|---|---|---|---|---|---|---|
玉山 YS | 赣北 | 5.929 | 3.060 | 1.108 | 0.446 | 0.513 | 7 |
婺源 WY | 赣北 | 4.929 | 2.796 | 1.051 | 0.507 | 0.521 | 4 |
德兴DX | 赣北 | 3.571 | 2.356 | 0.889 | 0.537 | 0.480 | 3 |
均值 Mean | 4.810 | 2.737 | 1.016 | 0.497 | 0.505 | ||
永丰 YF | 赣中 | 4.286 | 2.668 | 0.974 | 0.426 | 0.489 | 0 |
靖安 JA | 赣中 | 5.071 | 3.334 | 1.100 | 0.481 | 0.535 | 1 |
湾里 WL | 赣中 | 2.286 | 2.034 | 0.677 | 0.391 | 0.394 | 1 |
均值 Mean | 3.881 | 2.678 | 0.917 | 0.433 | 0.473 | ||
龙南 LN | 赣南 | 4.786 | 2.881 | 1.032 | 0.464 | 0.509 | 2 |
宁都 ND | 赣南 | 5.786 | 3.236 | 1.153 | 0.509 | 0.551 | 4 |
大余 DY | 赣南 | 5.000 | 3.008 | 1.096 | 0.467 | 0.542 | 2 |
均值 Mean | 5.190 | 3.042 | 1.094 | 0.480 | 0.534 | ||
均值 Mean | 4.627 | 2.819 | 1.009 | 0.470 | 0.504 |
AMOVA方差分析表明(
变异来源Source of variation | 自由度df | 均方和SS | 均方偏差MS | 方差组分Variance componets | 方差分量百分率(%) Proportion of variance component |
---|---|---|---|---|---|
群体间 Among populations | 8 | 326.526 | 40.816 | 1.161 | 8 |
群体内 Within populations | 213 | 2693.483 | 12.645 | 12.645 | 92 |
总计 Total | 221 | 3020.009 | 13.806 | 100 |
位点 Locus | 群体内近交系数 Fis | 群体间近交系数 Fit | 遗传分化系数 Fst | 基因流 Nm |
---|---|---|---|---|
LFL80 | -0.061 | 0.004 | 0.062 | 3.812 |
LFL34 | 0.400 | 0.426 | 0.045 | 5.328 |
LF29 | -0.032 | 0.024 | 0.054 | 4.373 |
LFL12 | -0.082 | -0.008 | 0.069 | 3.377 |
LFL86 | 0.482 | 0.624 | 0.273 | 0.664 |
LF37 | -0.173 | -0.113 | 0.051 | 4.625 |
LF69 | 0.152 | 0.197 | 0.053 | 4.500 |
LF3 | 0.266 | 0.298 | 0.043 | 5.534 |
LF19 | 0.083 | 0.310 | 0.248 | 0.759 |
LFL90 | 0.028 | 0.503 | 0.489 | 0.261 |
LF62 | 0.045 | 0.163 | 0.124 | 1.774 |
LF17 | -0.002 | 0.198 | 0.200 | 1.001 |
LF40 | -0.053 | 0.039 | 0.088 | 2.595 |
LFL89 | -0.084 | -0.008 | 0.070 | 3.323 |
均值Mean | 0.069 | 0.190 | 0.133 | 2.995 |
基于9个群体的成对遗传距离矩阵进行主成分分析(PCoA, principal coordinates ),可分为3类:玉山群体(YS)、婺源群体(WY)和德兴群体(DX)聚集为一类,说明这3个群体的遗传距离相对比较近,而且地理位置也比较近,都位于赣北地区,湾里(WL)群体独立分为一类,其余群体聚为另一类,其中第一主成分和第二主成分分别可以解释总变量的87.71%和5.72%(

图2 基于群体成对遗传距离的枫香古树群体GenAIEx主成分分析
Fig.2 Principal coordinate analysis (PCoA) of ancient tree populations based on pairwise genetic distance in GenAIEx
为了进一步研究枫香群体间的遗传关系,基于贝叶斯聚类方法对9个枫香古树群体进行Structure分析,

图3 Delta K分布图
Fig.3 The distriction of Delta K

图4 枫香古树群体Structure聚类结果(K=3)
Fig.4 Clustering results of Liquidambar formosana with cluster number (K) of 3
黑色线段将群体分开,不同颜色代表不同的类群。每根竖线代表一个个体,该线根据估计的3个类群的组成按比例划分为不同颜色:第1组为蓝色,第2组为橙色,第3组为紫色
Different color represents different cluster and black segments separate the populations. Each individual is represented by a single vertical line, which is partitioned into colored segments in proportion to the estimated membership in 3 groups: blue for group 1, orange for group 2, and purple for group 3
遗传多样性是衡量物种适应环境变化能力的重要指标,遗传多样性研究将为种质资源的保护与利用提供理论参考。柴国锋
在种群扩张过程中,低频等位基因比高频等位基因更容易丢失,这使得低频等位基因(尤其是特有等位基因)成为种群起源研究的重要依据。一般来说,古老起源群体含有更多的稀有等位基因和特有等位基因。赣南(He=0.534,n=8)和赣北(He=0.505,n=14)地区具有较高的遗传多样性和特有等位基因,因此我们推测赣南和赣北地区有可能是枫香的冰期避难所,由于赣北的武夷山脉以及赣南地区的南岭山脉,地形环境比较复杂多变,独特的气候环境使得枫香能够在此保留下来,冰期后赣北、赣南地区的枫香向赣中地区迁移扩散。在今后的枫香育种工作中,可以加强在赣北、赣南地区群体内开展优树选择,有可能含有特定的基因类型资源,可以获得更大的遗传增益。
本研究中,遗传分化系数Fst 值为0.133,说明群体间具有中等水平的遗传分化。8%的遗传变异发生在群体之间,而92%的遗传变异存在于群体内部。或许较高的基因流(Nm=2.995)是引起枫香古树中等遗传分化的一个原因。枫香种子较小(千粒重仅为3.1~5.5g)且带翅,可以进行长距离传播,有利于种群间的基因交流;此外,枫香属于风媒异交植物,长距离的花粉扩散应该是影响其遗传结构的重要进化力,因此种群间的遗传分化程度较
遗传结构的解析是遗传资源评价的关键,而遗传分化和亲缘关系的确定可以为遗传资源的保护和有效利用提供有益的线
通过对江西省枫香古树的遗传多样性研究表明,枫香古树具有相对较高的遗传多样性,且遗传变异主要存在于群体内的不同个体之间,任何个体的消失有可能导致枫香古树遗传多样性的降低,因此要加强对枫香古树个体的保护,对树势衰弱的古树进行扩繁保护。赣南、赣北地区具有较高的遗传多样性和特有等位基因,可能是枫香冰期避难所,在今后的枫香育种工作中,可以加强在赣北、赣南地区群体内开展优树选择,有可能含有特定的基因类型资源,可以获得更大的遗传增益。而且,古树资源蕴藏着长寿、抗旱、抗寒等优良基因资源,这些优良基因资源还有待进一步挖掘利用。
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