摘要
发掘矮秆基因并解析其调控机制,为玉米矮化育种提供基因资源和理论依据。利用形态观察和石蜡切片方法,研究了玉米矮秆突变体K15d与野生型K15的矮化特征差异;通过等位性鉴定并利用PCR扩增克隆了矮秆基因d15,分析了3个时期茎节间中d15的表达模式。与野生型K15比较,突变体K15d的株高、穗位高和穗下节间数分别降低39.22%、69.75%和38.83%,差异均达显著或极显著水平;茎秆横切面细胞大小差异不明显,纵切面细胞变短,排列不规则。矮秆基因d15与br2等位,第5外显子5485~5685 bp区间缺失200 bp,编码区全长3983 bp。d15编码蛋白的跨膜结构域为10个,比D15编码蛋白的跨膜结构域减少2个,负责底物结合和转运功能的第2个保守功能域缺失。d15启动子较br2仅有2个SNPs差异。在拔节前、拔节期和拔节后3个时期,突变体中d15基因的表达量与野生型间均无显著差异。由此可见,矮秆基因d15的矮化特征及表达模式均与br2相似,是1个新的br2等位基因,丰富了玉米矮秆基因资源。
株高是玉米理想株型建成的重要农艺性状之一,直接影响玉米品种的高产潜力和抗倒性
玉米矮秆突变体K15d及同源高秆自交系K15(野生型)、R08d(cr1)、K125d(br2)和114F(br2);K15d分别与R08d、K125d和114F杂交获得3个F1群体;K15d分别与R08d和K125d构建2个F2群体。114F来源于玉米遗传学合作库存中心(MGCSC,Maize Genetics Cooperation Stock Centre),其余材料均由四川正红生物技术有限责任公司(以下简称公司)提供。2×T5 Super PCR Mix、DH5α感受态细胞购自成都擎科梓熙生物技术有限公司;TB Green™ Premix Ex Taq™ Ⅱ、高保真酶PrimeSTAR购自TAKARA公司;快捷型植物基因组DNA提取试剂盒、DNA产物纯化试剂盒、RNA prep Pure Plant Kit 试剂盒购自TIANGEN公司;反转录试剂盒(ReverTra Ace® qPCR RT Master Mix with gDNA Remover)购自TOYOBO;克隆载体pEASY-T5购自北京全式金生物技术有限公司;引物由上海生工生物公司合成。
2016年春季在公司双流基地顺序播种114F、R08d、K125d、K15d、K15、3个F1群体和2个F2群体,6行区,每行8窝,每窝2株,行距0.8 m,行长3.5 m,密度3350株/667
散粉结束后,测量K15和K15d的株高、穗位高、叶宽、节间长、节间粗和节间数并拍照,性状测定方法见
性状Traits | 测定方法Method |
---|---|
株高Plant height | 由地表到雄穗顶端的高度 |
穗位高Ear height | 从地表到果穗柄着生节的高度 |
叶宽Leaf width | 测量上位穗以上第一叶的最宽处 |
穗上节间数Internode no. above ear | 从穗柄着生节到雄穗基部的总节间数 |
穗下节间数Internode no.under ear | 从第一节间到穗柄着生节以下的总节间数 |
节间长Internode length | 从植株上部第一节间到下部最后一节间分别长度 |
节间粗Internode thick | 测量每节间中部的直径 |
散粉结束后,测量114F 、R08d、K125d、K15d、3个F1群体和2个F2群体的株高和穗位高。计算F1株高和穗位高平均值和标准误(SE),与双亲株高和穗位高对比;统计F2植株高矮分离情况,并做株高分布图,推测相应亲本间矮秆基因的等位关系。
根据已报道的br2启动子序列设计引物pQPH1F(CGCGTACCGTATCTAACCAA)和pQPH1R(CGGGTCGCTGCTAGACATG
参照br2基因组序列(Genebank登录号:AY366085),利用Premier5.0软件设计7对交叉覆盖整个br2基因组的特异性引物扩增K15和K15d,所用引物序列见
引物名称 Name of primer | 正向引物(5'-3') Forward primer sequence(5'-3') | 反向引物(5'-3') Reverse primer sequence(5'-3') | 扩增长度(bp) Amplified length |
---|---|---|---|
H109 | GCCGTCACCATCTAGTTTGC | CGACGACGAGGAAGTAGAAG | 1105 |
H106 | CGAGCAGCCGCCCAATG | TACCAGAGCAGGAGCCCGTAG | 1007 |
H113 | GGGCAACCTCATCCACTACAT | GGTTCTCCCTGATGCTCGTC | 1595 |
H114 | TTGGTCGTGGCTGTTTGTGG | GCATGGGTTTGACTGGCTCT | 1743 |
H103 | CCACCCCAGCTCTTGCTACTC | CCGCTTGGTCAGGTTCTC | 1381 |
212F/233R | CGCCATCTTCGCCTACATC | CATCAATCTCTCGAGGAACCAAAC | 1754 |
H211 | GCGAGAACCTGACCAAGCG | CGCCCTTGATGAAGTCCG | 663 |
对以上扩增出来的目标条带进行凝胶回收并纯化,并与pEASY-T5载体连接转化到大肠杆菌DH5a感受态细胞中,在氨苄(Amp)抗性的LB平板上筛选阳性克隆,随机挑取单菌落进行PCR鉴定,将阳性单菌落菌液分别送成都擎科梓熙生物技术有限公司和北京六合华大基因科技有限公司测序。用DNAMAN软件对K15d和K15中d15基因测序结果进行拼接和比对。采用DNAMAN软件预测编码氨基酸序列并比对。
利用在线工具TMHMM Server V.2.0(http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/)预测蛋白跨膜结构域。SOPMA在线软件分析蛋白质二级结构类型。利用SMART(http://smart.embl-heidelberg.de)预测蛋白质功能结构域。
采用RNA prep Pure Plant Kit试剂盒分别提取K15d和K15材料拔节前期(8片展开叶及11片可见叶)、中期(10片展开叶及13片可见叶)和后期(12片展开叶及16片可见叶)的茎秆第2节间的总RNA,并通过反转录试剂盒将其反转录成cDNA。田间取样根据叶龄指数,每个时期每个材料选取展开叶片数与总叶片数均一致、株高及分化节数相同、发育程度一致、无病虫侵袭的植株,生物学重复3株,切取节间正中部区段,尽量保证切取的茎块含有同样比例的木质部与韧皮部及表皮组织。利用Primer5.0软件设计基因表达特异性引物RT12(上游引物5'-CTGCTCATCGGCATGTCCTC-3',下游引物:5'-GAACAAGGCGATCTCGTTGC-3');18s rRNA(上游引物5'-ACCTCCATGCTCACTGGTACTT-3',下游引物5'-ACCTCCATGCTCACTGGTACTT-3')作为内参基因。按照TB Green Premix Ex Taq Ⅱ说明书配置定量反应体系,在CFX96 Real-Time System收集荧光,每个样品设置3次重复,基因相对表达量采用
K15与K15d的部分矮化性状比较见

图1 K15与K15d部分矮化性状比较
Fig.1 Comparison of partial dwarfing characters between K15 and K15d
A:植株,标尺=20 cm;B:茎秆,标尺=20 cm;C:节间,标尺=2.2 cm;D:节间直径;E:穗下节间横切面(10×10),标尺=0.1 mm;F:穗下节间纵切面(10×10),标尺=0.1 mm
A: Plants, bar=20 cm; B: Stems, bar=20 cm; C: Internodes, bar=2.2 cm; D: Internode diameter; E: Cross section of below ear internode (10×10), bar=0.1 mm; F: Vertical section of below ear internode (10×10) , bar =0.1 mm
将K15与K15d的部分性状测量数据列于
性状 Traits | K15 | K15d | 比K15增减(%) Compared with K15 |
---|---|---|---|
株高(cm) Plant height | 234.60±2.19 | 142.60±1.70 |
-39.2 |
穗位高(cm) Ear height | 72.73±2.15 | 22.00±1.20 |
-69.7 |
节间数 Internode no. | 13.00±0 | 11.33±0.67 | -12.85 |
穗下节间数 Internode no. below ear internode | 6.00±0 | 3.67±0.33 |
-38.8 |
穗上节间数 Internode no. above ear internode | 7.00±0 | 7.67±0.33 | +9.57 |
穗下节间横切面细胞数 Transverse cell no. of below ear internode | 57.50±0.50 | 39.5±0.50 |
-31.3 |
穗下节间纵切面细胞数 Longitudinal cell no. of below ear internode | 10.67±0.67 | 14.33±0.67 |
+34.3 |
平均值±标准误;+表示增加;-表示减少
Mean±SE; +meas increase; -means decrease;
3个F1与双亲株高和穗位高比较结果见
组合Combination | 性状(cm) Traits | 母本 Female parent | 父本 Male parent | F1群体 F1 population | 等位性 Allelism |
---|---|---|---|---|---|
K15d×R08d | 株高 | 142.60±1.70 | 115.33±1.14 | 254.60±2.39 | 不等位 |
穗位高 | 22.00±1.20 | 34.13±0.95 | 78.05±2.80 | ||
K15d×K125d | 株高 | 142.60±1.70 | 106.27±1.17 | 189.10±3.68 | 等位 |
穗位高 | 22.00±1.20 | 25.87±0.62 | 38.45±1.70 | ||
K15d×114F | 株高 | 120.79±0.97 | 120.00±1.45 | 154.96±2.42 | 等位 |
穗位高 | 24.94±0.41 | 28.00±1.23 | 28.82±0.86 |

图2 2个组合 F2群体株高分布图
Fig.2 The plant height distribution of F2 population of two combinations
野生型K15和突变体K15d中d15启动子的PCR扩增产物长度与预期大小一致(

图3 K15和K15d中d15基因启动子的扩增结果
Fig.3 Amplification results of d15 promoter in K15 and K15d
利用7对特异性引物分别对K15(野生型)和K15d的基因组DNA进行扩增并进行琼脂糖凝胶电泳检测。从

图4 矮秆基因d15的克隆
Fig.4 The result of cloning of dwarf gene d15
A: 引物H211的扩增结果;B: d15基因结构及突变位点;C: d15基因缺失片段序列对比
A: Amplification results of primer H211, respectively; B: Structure and mutation site of d15 gene;C: Sequence comparison of fragment with deletion of d15 gene
通过TMHMM2.0工具对d15编码蛋白的跨膜结构进行预测。如

图6 d15蛋白的跨膜区预测
Fig.6 Prediction of transmembrane region of d15 protein
黑色箭头:d15蛋白的跨膜结构域缺失位置
Black arrow: The location of missing transmembrane domain of d15 protein
利用SOPMA对d15编码蛋白的二级结构预测发现(
材料名称 Material name | α-螺旋 Alpha helix | 扩展长链 Extended strand | β-转角 Beta turn | 无规则卷曲 Random coil |
---|---|---|---|---|
K15 | 47.31 | 15.36 | 5.10 | 32.23 |
K15d | 42.38 | 13.65 | 8.07 | 35.90 |
采用SMART预测d15编码蛋白的功能结构域,结合NCBI CDD数据库分析保守序列。结果发现,K15中D15编码蛋白含有ABC转运蛋白典型的结构域,即含有两个核酸结合域(NBD,nucleotide- binding domain)和两个跨膜结构域(TMD,transmembrane domain),为全分子的ABC转运蛋白,具有“NBD-TMD”排列的结构域特点(

图7 d15蛋白的功能域预测
Fig.7 Prediction of functional conserved domain of d15 protein
A:K15;B:K15d;NBD:核酸结合域;TMD:跨膜结构域;粉色矩形:低复杂度结构域
A: K15; B: K15d; NBD: Nucleotide- binding domain;TMD: Transmembrane domain; Pink rectangle:Low complexity region
本研究对K15d和K15拔节期前、中、后3个发育时期d15基因在茎第2节间组织的表达进行分析(

图8 d15基因的表达
Fig.8 Expression of d15 gene
a、b和c表示拔节期前、中、后3个时间点。a时期植株具11片可见叶、8片展开叶;b时期植株具13片可见叶、10片展开叶;c时期植株具16片可见叶、12片展开叶
a, b and c are 3 developmental stages during stem elongation. a: Plants with 11 visible leave and 8 expanded leaves; b: Plants with 13 visible leave and 10 expanded leaves; c: Plants with 16 visible leave and 12 expanded leaves
对玉米的矮化特征研究发现,不同突变类型的农艺性状差异很大。研究表明,br2突变体的株高是野生型的1/4到1/2,主要是穗位以下节间缩短明
Pilu
跨膜结构域(TMD)形成的膜通道开口有利于底物的结合和转运,并且TMD上结合位点具有饱和点,调控着底物运输的速
研究表明,P环、H环、Walker B和Q环形成1个腔隙用于ATP分子的容纳,D环和LSGGQ序列则关闭腔隙,相互形成独有的“ATP sandwich”结构,该结构形式利于ATP 自由能的有效释放,便于PGP蛋白构象的改变,从而促进其对底物的识别和转
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