2025年6月7日 6:16 星期六
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山西小麦地方品种四月黄抗白粉病基因的遗传分析  PDF

    牛慧珍 1
    ✉
    任永康 2
    唐朝晖 2
    张晓军 2
    牛瑜琦 2
    ✉
1. 晋中市农业种业繁育改良站,山西晋中030600; 2. 山西农业大学农学院,太原030031

最近更新:2025-01-23

DOI:10.13430/j.cnki.jpgr.20240426002

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EN 引
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目录contents
摘要
关键词
1 材料与方法
1.1 试验材料
1.2 白粉病抗性鉴定
1.3 DNA提取和SNP芯片扫描
1.4 分子标记开发与连锁图谱绘制
2 结果与分析
2.1 抗病性遗传分析
2.2 SNP芯片结果分析
2.3 PmSYH的连锁标记及遗传图谱
3 讨论
3.1 PmSYH与7D染色体上其他抗白粉病基因的关系
3.2 PmSYH在小麦育种中的应用潜力
参考文献

摘要

小麦白粉病是一种严重危害小麦生产的真菌病害,从现有资源中鉴定抗病种质并挖掘新的抗病基因是持续改良小麦抗病性的重要途径。四月黄是课题组前期从山西省小麦种质资源中鉴定出的一个抗白粉病小麦地方品种,本研究采用苗期单小种人工接种的方法对四月黄与晋麦47以及二者构建的遗传群体进行抗性鉴定和遗传分析,并采用分离群体分组分析法和90K SNP芯片扫描对四月黄携带的抗病基因进行定位。结果表明:四月黄对白粉病的抗性受一对显性核基因控制,遗传方式符合孟德尔遗传规律,暂命名为PmSYH。SNP芯片结果显示,多态性SNP标记主要富集在小麦7D染色体110~140 Mb区段和570~610 Mb区段。在上述区段分别开发SSR分子标记并利用抗、感病小群体进行连锁性筛选,结果从110~140 Mb区段筛选出6个与抗病基因连锁的SSR标记,从570~610 Mb区段未筛选出连锁标记。利用6个与PmSYH连锁的SSR标记对晋麦47/四月黄的F2群体进行基因分型,将PmSYH定位于位于7D染色体上132.6 Mb~137.5 Mb的物理区段,两侧标记分别为Sxau7DS-37和Sxau7DS-48,遗传距离分别为1.8 cM和3.1 cM。与前人定位结果比较分析表明,PmSYH是一个新的抗白粉病基因。本研究为小麦抗白粉病育种提供了新的基因资源,在北部冬麦区小麦白粉病抗性改良中具有一定的利用价值。

关键词

普通小麦; 地方品种; 白粉病; 抗病基因; 分子定位

小麦(Triticum aestivum L.)是人类主要口粮作物之一,全世界约有35%~40%的人口以小麦作为主要食物来源[

参考文献 1
百度学术    
1]。叶片作为小麦光合作用的主要器官,为小麦生长发育提供了95%的能量[
参考文献 2
百度学术    
2],在小麦产量形成中起着至关重要的作用。由布氏白粉菌(Blumeria graminis f. sp. Tritici(Bgt))引发的小麦白粉病是小麦生产中最重要的病害之一,在各个小麦种植区都有发生。布氏白粉菌是一种专性活体寄生真菌,侵染小麦叶片后,可迅速在叶片表面形成一层白粉状霜霉孢子层,不仅会遮挡阳光,影响叶片的正常光合作用,还会从叶片吸收水分和营养,破坏细胞结构,导致叶片提前衰老或死亡,严重影响小麦的生长发育[
参考文献 3-4
3-4],发病严重时可使小麦减产30%以上[
参考文献 5
百度学术    
5]。近年来,我国小麦生产中多数品种不抗白粉病或抗性较差[
参考文献 6
百度学术    
6],白粉病年发病面积约为500万~800万hm2,严重影响小麦的高产和稳产[
参考文献 7
百度学术    
7]。由于生产上长期大量使用三唑酮等化学杀菌剂防治白粉病,导致白粉菌群对杀菌剂的抗药性快速上升[
参考文献 8
百度学术    
8],防治时不得不加大农药使用量,进一步造成唑醇类药剂在土壤、水体和生物中大量富集,严重影响生态环境的安全性[
参考文献 9-11
9-11]。

推广种植抗病品种是防控小麦白粉病的有效措施[

参考文献 12
百度学术    
12],不仅可以减少农药对环境的破坏,也可节约生产成本,增加经济收益。小麦品种对白粉病的抗性主要来源于其蕴含的抗白粉病基因,Pm2、Pm4、Pm6、Pm8、Pm21、Pm24等抗白粉病基因都曾被广泛利用,培育出大量优秀的抗病新品种,有效抵御了白粉病的危害[
参考文献 13
百度学术    
13]。但由于小麦白粉菌致病菌株的快速变异,抗病基因极易被新出现的白粉菌株克服,导致其抗病性减弱或完全丧失[
参考文献 14
百度学术    
14],成为无效基因。据报道,Pm1a、Pm2、Pm3a、Pm3b、Pm3f、Pm4a、Pm6、Pm8和Pm17等已在美国、澳大利亚、埃及等部分地区丧失抗性[
参考文献 15-17
15-17]。我国小麦推广品种中也只有Pm2、Pm4、Pm12、Pm13、Pm21、Pm52等少数主效基因具有有效抗性[
参考文献 18
百度学术    
18],其中Pm2和Pm4在部分地区也已经丧失抗性,Pm52的抗性也在逐渐降低[
参考文献 19
百度学术    
19]。因此,从现有的小麦资源中鉴定抗病种质,持续挖掘有效的抗白粉病基因,丰富小麦的抗病基因库,并将其应用到小麦抗病育种中,以应对不断进化的小麦白粉菌株,是小麦抗病品种选育和利用的迫切需求。

本研究从山西省小麦种质资源中鉴定出的一个抗白粉病小麦地方品种四月黄,苗期和成株期都表现出优良的抗病性。利用其与感病品种晋麦47杂交构建的遗传群体进行抗病性遗传分析、SNP(single nucleotide polymorphism)芯片扫描和分子标记作图,挖掘四月黄中携带的抗白粉病基因及其遗传方式,为进一步有效利用其白粉病抗性提供理论依据。

1 材料与方法

1.1 试验材料

供试材料包括抗白粉病品种四月黄,感白粉病品种晋麦47,及二者杂交构建的F1、F2、F2:3和BC1F1群体和铭贤169。其中四月黄为山西农业大学农学院从山西省高平市收集的小麦地方品种;晋麦47为普通小麦品种,来自山西农业大学棉花研究所;铭贤169为感病对照品种,来自山西农业大学农学院。抗病鉴定及遗传分析所用白粉病菌株为北部冬麦区流行小种E09,来自中国农业科学院植物保护研究所。7D染色体上的抗白粉病基因Pm38、MlNCD1和PmAF7DS的连锁标记的引物信息,从NCBI网站(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)获取。

1.2 白粉病抗性鉴定

在人工气候室内对试验材料进行了苗期抗白粉病鉴定,鉴定条件参考郭慧娟等[

参考文献 20
百度学术    
20]的方法。鉴定材料分别为四月黄、晋麦47、以及四月黄和晋麦47构建的F1、F2、BC1F1和F2:3家系。白粉菌繁殖、诱发及对照材料均为铭贤169。

将试验材料播种在55 cm×28 cm的矩形育苗盘内,每个育苗盘有72个独立的孔穴,孔穴大小为4.5 cm×4.5 cm,每穴播种10粒种子。为观察接菌后的发病效果,在每个育苗盘中播种6穴感病对照品种铭贤169,分布于育苗盘的四角及中间位置。四月黄和晋麦47相邻播种于育苗盘两侧各2穴。人工气候箱设置为21 ℃光照14 h和16 ℃黑暗10 h的光温周期,光照强度为6000 lx,相对湿度为65%~75%。播种10 d左右,当植株第一片叶子完全展开时,用提前培养好带有大量新鲜白粉菌E09孢子的铭贤169幼苗,将白粉菌孢子抖落接种于所有待鉴定材料上,并在相同条件的人工气候箱继续培养10~15 d,待育苗盘上的铭贤169第一片叶子布满孢子时,对试验材料进行抗病性调查。按照盛宝钦[

参考文献 21
百度学术    
21]描述的记载标准,将所有植株的抗病反应型分为0~4级。其中0为免疫,叶片无孢子或坏死斑;0;为近免疫,叶片无孢子,有坏死斑;1为高抗,叶片上有少量稀疏的孢子或气生菌丝;2为中抗,叶片上有少量孢子堆,菌落直径小于1 mm;3为中感,叶片上菌丝和孢子堆较多,菌落直径大于1 mm;4为高感,叶片上覆盖大量孢子堆。其中0~2级属于抗病类型,3~4级属于感病类型[
参考文献 22
百度学术    
22]。

将晋麦47/四月黄的F2:3家系种子分别播种在72孔育苗盘中鉴定其白粉病抗性,每个家系播种30粒。全部表现为抗病的家系,推测其F2单株为纯合抗病株,全部表现为感病的家系,推测其F2单株为纯合感病株,表现为抗感病分离的家系,推测其F2单株为杂合株。

1.3 DNA提取和SNP芯片扫描

在植株二叶一心时期,取幼嫩的小麦叶片10~15 cm,剪成小段后装入2.0 mL离心管中,并加入2颗直径2 mm左右的锆珠,盖好盖子在液氮中冷冻5 min左右,待叶片完全冷冻脆硬后,使用高通量组织研磨仪将叶片打成细粉状,之后采用改良的CTAB法[

参考文献 23
百度学术    
23]提取基因组DNA。

采用分离群体分组分析法(BSA, bulked segregant analysis)从F2:3家系选取30个纯合抗病家系(反应型为0或0;)和30个纯合感病家系(反应型为4),每个家系取等量DNA分别混合建立抗病池和感病池[

参考文献 24
百度学术    
24],送往北京中玉金标记公司进行小麦90 K SNP芯片[
参考文献 25
百度学术    
25]扫描。

1.4 分子标记开发与连锁图谱绘制

筛选在抗病池和感病池之间存在多态性且抗病池扩增条带与抗病亲本一致、感病池扩增条带与感病亲本一致的SNP标记,根据SNP标记分布的富集程度分析抗病基因所在染色体区段。从Triticeae Multi-omics Center网站(http://202.194.139.32/getfasta/index.html)获取该区段中国春参考基因组序列IWGSC Ref Seq v2.1,利用SSR Hunter v1.3查找SSR序列,利用Primer Premier v6.0设计SSR引物,每隔500 kb左右设计一个SSR引物,引物由生工生物工程(上海)有限公司合成。利用PCR扩增四月黄和晋麦47,筛选二者之间扩增产物存在多态性的SSR引物。从晋麦47/四月黄的F2群体内,分别选取10株纯合抗病植株和10株纯合感病植株构建抗、感病小群体,利用筛选出的在亲本间可扩增出多态性条带的引物,扩增由10个抗病单株和10个感病单株组成的小群体,如果10个抗病单株的扩增带型与抗病亲本一致,且10个感病单株的扩增带型与感病亲本一致,则认为该标记与抗病基因连锁。筛选出的连锁标记见表1。

表1  与PmSYH连锁的SSR分子标记
Table 1  SSR markers linked to PmSYH

标记名称

Marker name

引物序列(5′-3′)

Primer sequence (5′-3′)

产物大小(bp)

Product size

退火温度(℃)

Tm

Sxau7DS-12

GACGCCCGCTTTGTAATCTA

GTCGGGATCGAGTCGACGG

149 55
Sxau7DS-23

GAAAGCAAACAGGAGGCAT

CGTATATGTGAATTGTAT

376 58
Sxau7DS-35

TAAAGTGACGTTCTTTCGCATT

GGATAAAATATAAAAAGGGA

166 58
Sxau7DS-37

CAACACACTCCCCTCTCGTT

CCCACAACTCTTTGTGTTCT

126 60
Sxau7DS-48

TCTCTCTTTCTTAGTGGGGA

GCCTCTCCTTCGGAGCCCAC

148 55
Sxau7DS-60

CCTCCTCCATTTAGGGATA

TCTTGATGATCTATATAG

159 58

PCR反应体系和扩增程序参照张晓军等[

参考文献 26
百度学术    
26]的描述。扩增产物在8%非变性聚丙烯酰胺凝胶[
参考文献 27
百度学术    
27]上220 V电泳40 min,硝酸银染色并进行标记分型。对F2群体的基因型数据进行赋值,与抗病亲本带型相同的记作A,与感病亲本带型相同的记作B,同时含有两亲本带型的记作H,将分子标记检测结果与白粉病抗性鉴定结果导入软件Joinmap 4.0中(https://www.kyazma.nl/index.php/JoinMap/Updates/#JM4),利用Independence LOD(Start: 0.5,End: 10.0,Step: 1.0)和Kosambi函数计算抗病基因与标记间的遗传距离,并构建遗传连锁图谱。

2 结果与分析

2.1 抗病性遗传分析

抗病性接种鉴定结果显示,四月黄对白粉菌菌株E09表现为免疫或近免疫(0或0;),晋麦47表现为高感(表2,图1)。正交晋麦47/四月黄或反交四月黄/晋麦147的169株F1植株全部表现为免疫或近免疫,与抗病亲本四月黄的抗病反应型一致。以晋麦47为回交亲本的BC1F1群体中有59株表现为抗病,60株表现为感病,卡方检验抗感分离比例符合1∶1的理论值(χ2 = 0.07,P = 0.28),说明四月黄中携带的抗白粉病基因为显性核基因。在晋麦47/四月黄的352株F2群体植株中,有263株表现为抗病(0~2),89株表现为感病(3~4),卡方检验抗感分离比例符合3∶1的理论值(χ2 = 0.16,P = 0.42)。上述结果表明四月黄的白粉病抗性遗传方式符合孟德尔遗传规律,说明其受1对显性核基因控制,暂将其命名为PmSYH。

表2  四月黄、晋麦47及其遗传群体对白粉菌株E09的抗性反应
Table 2  Resistance reaction to bgt E09 of Siyuehuang, Jinmai 47 and their generation groups

亲本/组合

Parents/cross

抗病

Resistant

感病

Susceptible

预期分离比

Expected

ratio of segregation

χ2P
00;12

合计

Total

34合计Total
四月黄 Siyuehuang (P1) 33 7 - - 40 - - - - - -
晋麦47 Jinmai 47(P2) - - - - - - 40 40 - - -
铭贤169 Mingxian 169 - - - - - - 120 120 - - -
F1(P2 / P1) 65 24 - - 89 - - - - - -
F2(P2 / P1) 92 46 122 3 263 43 46 89 3:1 0.16 0.42
F1(P1 / P2) 71 9 - - 80 - - - - - -
BC1F1 (P2/P1// P2) 33 26 0 0 59 41 19 60 1:1 0.07 0.28

-:无数据

-:No data

图1  四月黄、晋麦47及其F2群体对白粉菌E09的抗性反应

Fig. 1  Resistant reaction of Siyuehuang, Jinmai 47 and their F2 populations to bgt E09

SYH:四月黄;JM47:晋麦47

SYH: Siyuehuan; JM47: Jinmai 47

2.2 SNP芯片结果分析

利用小麦90 K SNP芯片对四月黄、晋麦47及利用其F2群体构建的抗病池和感病池进行BSA分析。结果(表3)显示,共有133个SNP标记在晋麦47/四月黄F2群体的抗、感病池与亲本之间表现出一致的多态性,其中64个位于7D染色体,占总数的48.1%,其他20条染色体上也都有分布,但数量较少,因此推测PmSYH较大可能位于7D染色体上。

表 3  小麦染色体上多态性SNP的数目
Table 3  Number of polymorphic SNPs on wheat chromosomes

染色体

Chromosome

多态性SNP数目

Number of polymorphic SNP

SNP总数

Number of SNP

染色体长度(Mb)

Chromosome length

多态性SNPs比例(%)

Proportion of polymorphic SNP

Chr1A 3 2400 594.10 0.13
Chr1B 3 2957 689.85 0.10
Chr1D 1 2078 495.45 0.05
Chr2A 3 2956 780.80 0.10
Chr2B 8 4144 801.26 0.19
Chr2D 4 2480 651.85 0.16
Chr3A 1 2367 750.84 0.04
Chr3B 8 2748 830.83 0.29
Chr3D 1 1734 615.55 0.06
Chr4A 1 2132 744.59 0.05
Chr4B 2 1995 673.62 0.10
Chr4D 0 1279 509.86 0
Chr5A 4 2562 709.77 0.16
Chr5B 7 3124 713.15 0.22
Chr5D 0 2031 566.08 0
Chr6A 4 2277 618.08 0.18
Chr6B 1 2502 720.99 0.04
Chr6D 1 1580 473.59 0.06
Chr7A 5 2746 736.71 0.18
Chr7B 12 2453 750.62 0.49
Chr7D 64 2002 638.69 3.20
总计Total 133 50547 14066.28 0.26

通过对7D染色体上多态性SNP标记的分布情况进行分析可知(图2),有25个标记集中分布于110~140 Mb区段内,有10个标记集中分布于570~610 Mb区段内,其他标记分布比较分散。由此推测,PmSYH很可能位于7D染色体110~140Mb区段或570~610 Mb区段。

图2  多态性SNP在小麦染色体上的分布

Fig. 2  Distribution of polymorphic SNPs on wheat chromosomes

2.3 PmSYH的连锁标记及遗传图谱

根据SNP芯片分析结果,在7D染色体110~140 Mb区段共开发63个标记,在570~610 Mb区段共开发80个标记进行PCR扩增。结果从110~140 Mb区段的63个标记中筛选出6个与抗病基因连锁的SSR标记,分别为Sxau7DS-12、Sxau7DS-23、Sxau7DS-35、Sxau7DS-37、Sxau7DS-48和Sxau7DS-60(标记的引物信息见表1),其中标记Sxau7DS-37和Sxau7DS-48的扩增结果如图3。而在570~610 Mb区段的80个标记与抗病基因均不连锁。因此,可以断定四月黄携带的抗白粉病基因PmSYH位于7D染色体的110~140 Mb区段内或其附近。

图3  PmSYH两侧连锁标记在F2群体中的扩增图谱

Fig. 3  Amplification profiles of adjacent SSRs at both sides of PmSYH in F2 population

P1:四月黄; P2:晋麦47; R:F2群体中抗病植株; S:F2群体中感病植株

P1: Siyuehuang; P2: Jinmai 47; R: Resistant plant in F2 population; S: Susceptible plant in F2 population;M:50 bp DNA marker

根据晋麦47/四月黄352个F2群体的基因分型和表型结果,利用Join map v4.0软件中计算遗传距离。结果如图4所示,抗白粉病基因PmSYH两侧最近的连锁标记分别为Sxau7DS-37和Sxau7DS-48,与PmSYH的遗传距离分别为1.8 cM和3.1 cM。根据Sxau7DS-37和Sxau7DS-48的物理位置,将PmSYH定位于7D染色体上132.6~137.5 Mb区间。

图4  PmSYH的遗传图谱和物理图谱

Fig. 4  Genetic and physical maps of PmSYH

A:PmSYH的遗传连锁图;B:PmSYH连锁标记在小麦7DS染色体上的物理图谱; PmSYH表示目标基因所在位置

A: Genetic linkage map of PmSYH; B: Physical map of PmSYH linked markers on wheat 7DS chromosome;PmSYH indicates the location of target gene

3 讨论

3.1 PmSYH与7D染色体上其他抗白粉病基因的关系

迄今为止,国内外科学家已从小麦及其近缘种中发现并定位了100多个抗白粉病基因[

参考文献 28
百度学术    
28],其中69个基因被正式命名(Pm1~Pm69)[
参考文献 29
百度学术    
29]。在小麦的21对染色体上,分布着数量不等的抗白粉病基因[
参考文献 30
百度学术    
30],其中7D染色体上有6个基因,分别为位于7DS的Pm15、Pm38[
参考文献 31
百度学术    
31]、MlNCD1[
参考文献 32
百度学术    
32]和PmAF7DS[
参考文献 33
百度学术    
33],位于7DL的Pm19和Pm29。而本研究鉴定出的抗白粉病基因PmSYH位于7DS染色体上,为了明确PmSYH是否为新的抗病位点,利用同样位于7DS染色体上Pm38、MlNCD1和PmAF7DS的连锁标记进行多态性检测。从NCBI网站(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)获取Pm38、MlNCD1和PmAF7DS的连锁标记的引物信息,合成引物后在晋麦47/四月黄的抗、感小群体中进行PCR扩增并进行连锁性分析。结果显示,Pm38的连锁标记Xbarc352、Xgwm1220、Xswm10、XcsLV34,MlNCD1的连锁标记Xgwm635、Xgpw328、Xcfd41和PmAF7DS的连锁标记Xgwm350a、Xbarc184、Xgwm111与PmSYH均无明显连锁关系。由Reddy等[
参考文献 33
百度学术    
33]的研究可知,MlNCD1、PmAF7DS和Pm38的遗传距离较近,均位于7DS染色体上100 Mb附近,而PmSYH位于7D染色体上132.6~137.5 Mb区段,与Pm38等3个基因的距离较远,且无法与它们整合到同一张遗传图上,因此推断它们为不同的等位基因位点。根据Tosa等[
参考文献 34
百度学术    
34]的报道,Pm15来源于节节麦,仅对冰草白粉病具有抗性,对小麦白粉病不具有抗性。Reddy等[
参考文献 33
百度学术    
33]认为在Chinese Spring和Chancellor中都含有Pm15,而Chinese Spring和Chancellor对E09都表现为感病。本研究表明,四月黄为普通小麦,对E09表现为抗病,可知PmSYH与Pm15的来源与抗谱均不相同。因此,PmSYH不同于7DS染色体上其他抗病基因,是一个新的抗白粉病基因。

3.2 PmSYH在小麦育种中的应用潜力

我国是小麦白粉病的高发地区,国内80%以上的主推品种对白粉病抗性较差[

参考文献 35
百度学术    
35]。因此,尽快选育抗病品种就成为小麦育种家面临的紧迫任务。而从现有资源中挖掘抗病种质,鉴定并利用有效的抗病基因则是培育抗病小麦品种的重要途径。根据抗病基因的来源,可将其分为3类。第1类来自普通小麦,属于小麦的一级基因库,包括48个正式命名的抗白粉病基因或等位基因,占正式命名基因的50.5%。第2类来自与小麦有一个或两个共同基因组的近缘物种,属于小麦的二级基因库,包括23个正式命名的抗白粉病基因或等位基因,占正式命名基因的24.2%。第3类来自黑麦属(Secale)、偃麦草属(Thinopyrum)、簇毛麦属(Daspyrum)和冰草属(Agropyron)等与普通小麦没有共同基因组的野生近缘物种,属于小麦的三级基因库,包括24个正式命名的抗白粉病基因或等位基因,占正式命名基因的25.3%。然而,来源于野生近缘种的基因常由于不良基因连锁导致农艺性状较差,或与小麦基因组亲和性低,难以直接在小麦生产上应用[
参考文献 36
百度学术    
36]。例如,来源于簇毛麦的Pm21是20世纪90年代初被发现并转移到小麦上的抗病基因[
参考文献 37
百度学术    
37],对小麦白粉病的绝大多数菌株都具有非常好的抗性,但直到20年后含有Pm21的优良选育品种(系)才在黄淮麦区生产上推广应用 [
参考文献 38
百度学术    
38]。而来源于普通小麦的抗病基因则可以通过常规杂交或回交直接应用于育种实践。因此,从普通小麦中挖掘的新基因无疑更加易于利用。地方品种是我国劳动人民在特定的环境条件下经过长期人工和自然选择获得的普通小麦品种,保持了优异的抗病虫和抗逆特性,遗传多样性丰富,是小麦的一级基因源。在已鉴定出的抗白粉病基因中,有许多都来自地方品种,例如Pm2c、Pm3b、Pm4e、Pm5d、Pm5e、Pm24a、Pm24b、Pm45、Pm47、Pm59、Pm61、Pm63等[
参考文献 39
百度学术    
39]获得正式命名,还有十余个未正式命名的抗白粉病基因,如PmTm4、MLxbd、PmX、PmH、PmHYM、PmHLT、MLmz、PmBYYT、PmSGD、Pm223899、PmQ等[
参考文献 40
百度学术    
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