摘要
农作物种质资源是新品种培育的物质基础,高通量表型分析技术的发展为优异种质的挖掘与利用提供了崭新的视角。本研究利用无人机收集了1129份大豆种质的时序性冠层覆盖度数据,对最大冠层覆盖度和封垄速度这两个分属空间维度和时间维度的性状进行了统计分析,旨在揭示不同生态区来源的种质资源在田间的动态生长特征和差异。结果表明,在江西省南昌种植环境下,1129份大豆种质资源的最大冠层覆盖度和封垄速度具有丰富的表型多样性,变异系数分别为16.09%和49.35%。不同结荚习性和生态区的种质在冠层覆盖度和封垄速度上表现不同,有限结荚习性的种质具有更高的冠层覆盖度和更快的封垄速度,来自南方生态区的大豆种质比来自其他生态区的大豆种质具有更高的冠层覆盖度和更快的封垄速度。最终筛选出最大冠层覆盖度在90%以上且封垄速度在0.3
大豆(Glycine max L. Merr)是食用油和植物蛋白的主要来
在过去几十年里,受鉴定技术的限制,对优异种质资源的筛选与利用存在一定的局限性,多为单一时间点鉴定株
本研究利用高通量无人机田间表型平台,对来自中国不同生态区的1129份大豆种质资源进行全生育期的动态监测。通过收集的大豆冠层覆盖度时序性数据,系统评价最大冠层覆盖度和封垄速度两个关键性状,进而筛选出具有高生物量和快速封垄特性的优异种质,不仅为深入挖掘和利用优异大豆种质资源提供了新视角,也为培育具有优异特性的大豆新品种提供了宝贵的育种材料和理论依据。
1129份大豆种质资源(详见https://doi.org/10.13430/j.cnki.jpgr.20240526001,
性状 Traits | 时间点Time points | 最小值 Min. | 最大值 Max. | 极差 Range | 平均值 Mean | 标准差 SD | 变异系数(%) CV |
---|---|---|---|---|---|---|---|
冠层覆盖度 (%) Canopy cover
| 第18天 | 0 | 7.98 | 7.98 | 0.49 | 0.87 | 176.33 |
第19天 | 0 | 3.69 | 3.69 | 0.24 | 0.40 | 167.34 | |
第21天 | 0 | 6.07 | 6.07 | 0.29 | 0.58 | 198.15 | |
第24天 | 0 | 24.15 | 24.15 | 3.77 | 3.94 | 104.31 | |
第28天 | 0.07 | 40.40 | 40.33 | 12.80 | 8.71 | 68.07 | |
第31天 | 0.12 | 59.08 | 58.96 | 19.48 | 12.95 | 66.49 | |
第34天 | 0.09 | 77.26 | 77.17 | 28.75 | 19.58 | 68.12 | |
第37天 | 0.13 | 87.92 | 87.79 | 39.81 | 23.52 | 59.09 | |
第40天 | 0.45 | 91.09 | 90.63 | 50.62 | 24.34 | 48.08 | |
第44天 | 9.61 | 88.99 | 79.39 | 60.03 | 16.34 | 27.22 | |
第48天 | 20.60 | 95.33 | 74.73 | 68.64 | 16.76 | 24.41 | |
第61天 | 22.64 | 97.55 | 74.91 | 66.63 | 14.24 | 21.38 | |
第63天 | 20.95 | 94.05 | 73.10 | 66.72 | 14.77 | 22.13 | |
第65天 | 24.96 | 96.24 | 71.28 | 70.70 | 13.19 | 18.65 | |
第68天 | 24.14 | 95.07 | 70.93 | 67.14 | 13.39 | 19.94 | |
第70天 | 24.00 | 95.87 | 71.87 | 71.29 | 13.32 | 18.68 | |
第72天 | 20.09 | 85.15 | 65.05 | 57.74 | 13.14 | 22.76 | |
最大冠层覆盖度 (%) MaxCC | 30.45 | 97.55 | 67.10 | 76.57 | 12.32 | 16.09 | |
封垄速度 ( | 0 | 0.42 | 0.42 | 18.05 | 0.09 | 49.35 |
MaxCC:Max canopy cover;CCSpeed:Canopy cover increase speed; The same as below
无人机平台采用精灵四多光谱版(大疆创新科技有限公司,中国深圳),搭载1个加色混色(RGB,red-green-bule)镜头和5个多光谱镜头。RGB传感器的有效像素208万,总像素为212万,分辨率为1600×1300,1/2.9英寸CMOS,曝光时间1/20000 s和光圈f/2.2,输出图像为tiff格式。所有图像均在距地面12 m的高度进行采集,飞行计划由DJI Ground Station Pro(大疆创新科技有限公司,中国深圳)自动执行。于播种后第18、19、21、24、28、31、34、37、40、44、48、61、63、65、68、70和72天进行图像采集,贯穿大豆整个生育期。在晴天10:00-13:00采集图像,轨迹重叠率为75%,侧面重叠率为60%或75%。RGB相机垂直于地面。
图像预处理包括两个阶段:生成正射影像图、地理坐标校准和裁剪。生成正射影像图分为3个步骤:(1)对齐原始图像并排序;(2)生成点云、网格和纹理;(3)生成并导出正射影像图。这3个步骤均由基于结构运动算法的Agisoft Photo-Scan Professional(1.2.2版,Agisoft LLC.,俄罗斯)软件执
利用MATLAB(R2021a版)计算冠层覆盖度,主要包括两个步骤:第一步是二值化处理,计算机视觉系统识别作物目标需要将绿色植物部分从土壤背景中分离出来,利用过量绿色指数(EGI,excess green index
M | (1) |
(2) |
其中,Ti代表第i个时间点,CCTi代表第Ti个时间点的冠层覆盖度,max代表最大值,TMaxCC代表达到最大冠层覆盖度的时间点,average代表平均值,封垄速度的单位为
本研究对1129份来源广泛的大豆种质资源在播种后18~72 d内的17个时间点采集图像,贯穿营养阶段和生殖阶段,可代表大多数大豆发育阶段的表型多样性。对每个时间点的图像进行处理并计算每个大豆品种的冠层覆盖度,获得了高分辨率的冠层覆盖度时序性数据。结果表明,大豆种质中最大冠层覆盖度的最小值为30.45%,最大值为97.55%,变异系数为16.09%;封垄速度的最小值为0,最大值为0.42


图1 各时间点冠层覆盖度、最大冠层覆盖度和封垄速度的频率分布
Fig. 1 The frequency distribution of canopy cover , MaxCC, and CCSpeed at each time point

图2 最大冠层覆盖度和封垄速度的表型多样性
Fig. 2 Phenotypic diversity of MaxCC and CCSpeed
A:蓝色代表封垄速度快的材料,绿色线代表封垄速度慢的材料,虚线代表达到最大冠层覆盖度的时间点;B:封垄速度快且最大冠层覆盖度大的材料(石塘茶豆);C:封垄速度慢且最大冠层覆盖度小的材料(六月爆)
A: The blue represents the material with fast CCSpeed, the green represents the material with slow CCSpeed,dashed line represents the time point when maximum canopy cover is reached; B: The material with fast CCSpeed and a large MaxCC (Shitang Chadou); C: The material with CCSpeed and a small MaxCC (Liuyuebao)
1129份大豆种质中有590份品种的结荚习性为有限结荚,占全部种质的52.26%;231份大豆种质为亚有限结荚习性,占全部种质的20.46%;308份大豆种质为无限结荚习性,占全部种质的27.28%(
结荚习性 Stem growth habit | 种质数量 Germplasm number | 性状 Traits | 最小值 Min. | 最大值 Max. | 范围 Range | 平均值 Mean | 标准差 SD | 变异系数(%) CV |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
有限 Determinacy | 590 | 最大冠层覆盖度 (%) | 3.53 | 97.55 | 64.03 | 79.75 | 10.04 | 12.47 |
封垄速度 ( | 0.01 | 0.42 | 0.41 | 0.20 | 0.09 | 46.49 | ||
亚有限 Semi-determinacy | 231 | 最大冠层覆盖度 (%) | 38.54 | 95.76 | 57.22 | 72.68 | 13.70 | 16.80 |
封垄速度 ( | 0.01 | 0.41 | 0.40 | 0.17 | 0.08 | 49.28 | ||
无限 Indeterminacy | 308 | 最大冠层覆盖度 (%) | 30.45 | 93.50 | 63.05 | 72.68 | 13.70 | 19.82 |
封垄速度 ( | 0 | 0.36 | 0.35 | 0.16 | 0.08 | 51.79 |

图3 不同结荚习性的大豆种质间最大冠层覆盖度和封垄速度的差异
Fig. 3 The differences of MaxCC and CCSpeed between different stem growth habits soybean germplasm
不同字母表示在P<0.05水平存在显著性差异
The different letters indicate significant differences at the P<0.05 level
对最大冠层覆盖度和封垄速度进行相关性分析,结果表明,最大冠层覆盖度和封垄速度极显著相关,相关性系数为0.539(

图4 不同生态区大豆种质间最大冠层覆盖度和封垄速度的相关性
Fig. 4 The correlation between MaxCC and CCSpeed of soybean germplasm in different ecological regions
比较不同来源大豆种质在江西秋季播种条件下的最大冠层覆盖度,发现北方生态区大豆种质的最大冠层覆盖度最小值为30.45%,最大值为91.92%,平均值为67.34%,变异系数为21.57%;黄淮海生态区大豆种质的最大冠层覆盖度最小值为37.90%,最大值为96.24%,平均值为76.81%,变异系数为13.20%;南方生态区大豆种质的最大冠层覆盖度最小值为44.07%,最大值为97.55%,平均值为82.66%,变异系数为8.97%(
生态区 Ecological region | 最小值 Min. | 最大值 Max. | 极差 Range | 平均值 Mean | 标准差 SD | 变异系数 CV |
---|---|---|---|---|---|---|
北方 Northern | 30.45 | 91.92 | 61.47 | 67.34 | 14.52 | 21.57 |
黄淮海 Huanghuaihai | 37.90 | 96.24 | 58.34 | 76.81 | 10.14 | 13.20 |
南方Southern | 44.07 | 97.55 | 53.48 | 82.66 | 7.42 | 8.97 |
区间 (%) Interval | 北方 Northern | 黄淮海 Huanghuaihai | 南方 Southern | 合计 Total | 百分率(%) Percentage |
---|---|---|---|---|---|
[ | 8 | 1 | 0 | 9 | 0.80 |
(40,50] | 42 | 8 | 4 | 54 | 4.78 |
(50,60] | 49 | 17 | 5 | 71 | 6.29 |
(60,70] | 57 | 46 | 15 | 118 | 10.45 |
(70,80] | 85 | 130 | 95 | 310 | 27.46 |
(80,90] | 63 | 145 | 280 | 488 | 43.22 |
(90,100] | 8 | 12 | 59 | 79 | 7.00 |
对不同来源的大豆种质在江西秋季播种条件下的封垄速度进行分析,发现北方生态区大豆种质封垄速度的最小值为0,最大值为0.35
生态区 Ecological region | 最小值 Min. | 最大值 Max. | 极差 Range | 平均值 Mean | 标准差 SD | 变异系数(%) CV |
---|---|---|---|---|---|---|
北方 Northern | 0 | 0.35 | 0.35 | 0.14 | 0.07 | 51.95 |
黄淮海 Huanghuaihai | 0.01 | 0.40 | 0.39 | 0.17 | 0.08 | 44.63 |
南方Southern | 0.01 | 0.42 | 0.41 | 0.22 | 0.09 | 42.60 |
区间 ( Interval | 北方 Northern | 黄淮海 Huanghuaihai | 南方 Southern | 合计 Total | 百分率(%) Percentage |
---|---|---|---|---|---|
[0,0.10] | 108 | 66 | 58 | 232 | 20.55 |
(0.10,0.20] | 145 | 172 | 140 | 457 | 40.48 |
(0.20,0.30] | 53 | 104 | 152 | 309 | 27.37 |
(0.30,0.40] | 6 | 16 | 104 | 126 | 11.16 |
(0.40,0.50] | 0 | 1 | 4 | 5 | 0.44 |
优异大豆种质应该同时具备高冠层覆盖度和快速封垄的特性,使其在自然环境下得到相对稳定的产量。最大冠层覆盖度超过90%且封垄速度超过0.30
种质编号 Accession number | 种质名称 Accession name | 生态区 Ecological region | 种质类型 Germplasm type | 结英习性 Stem growth habit | 最大冠层覆盖度 (%) MaxCC | 封垄速度 ( CCSpeed |
---|---|---|---|---|---|---|
ZDD10572 | 牛皮黄豆 | 北方 | 地方品种 | 有限 | 91.92 | 0.34 |
ZDD10598 | 黄花早 | 北方 | 地方品种 | 有限 | 90.79 | 0.31 |
ZDD10866 | 红黄豆 | 北方 | 地方品种 | 有限 | 91.76 | 0.35 |
ZDD04644 | 海安刺鱼豆1 | 黄淮海 | 地方品种 | 有限 | 92.97 | 0.39 |
ZDD04834 | 如东晚绿黄豆甲 | 黄淮海 | 地方品种 | 无限 | 90.95 | 0.34 |
ZDD21538 | 黄皮田埂豆-1 | 南方 | 地方品种 | 无限 | 90.38 | 0.34 |
ZDD14192 | 屏南城关山豆 | 南方 | 地方品种 | 有限 | 95.03 | 0.32 |
ZDD17010 | 石塘茶豆 | 南方 | 地方品种 | 无限 | 92.93 | 0.31 |
ZDD05905 | 通山大粒酱皮豆 | 南方 | 地方品种 | 有限 | 90.15 | 0.34 |
ZDD14653 | 吉首黄豆 | 南方 | 地方品种 | 有限 | 90.80 | 0.33 |
ZDD14394 | 猫眼豆 | 南方 | 地方品种 | 有限 | 93.88 | 0.35 |
ZDD12864 | 崇庆九月黄 | 南方 | 地方品种 | 有限 | 91.31 | 0.39 |
ZDD13590 | 透心绿 | 南方 | 地方品种 | 有限 | 90.93 | 0.31 |
ZDD20754 | 小白豆 | 南方 | 地方品种 | 有限 | 90.41 | 0.35 |
ZDD22481 | 121号 | 南方 | 地方品种 | 有限 | 91.37 | 0.31 |
ZDD06066 | 粗豆-1 | 南方 | 地方品种 | 有限 | 92.41 | 0.42 |
ZDD06067 | 粗豆-2 | 南方 | 地方品种 | 有限 | 91.21 | 0.30 |
ZDD06217 | 青皮青仁 | 南方 | 地方品种 | 亚有限 | 91.15 | 0.35 |
ZDD06236 | 青壳豆 | 南方 | 地方品种 | 有限 | 92.89 | 0.41 |
ZDD06256 | 青皮豆 | 南方 | 地方品种 | 有限 | 92.94 | 0.32 |
ZDD21366 | 兰溪山豆 | 南方 | 地方品种 | 有限 | 91.96 | 0.41 |
农作物种质资源具有遗传多样性,是培育新品种的物质基础,其蕴藏着的丰富优异性状和基因尚未被充分挖掘与利用。随着传感器、图像处理算法和机器学习算法的飞速发展,高通量表型分析技术已成为挖掘优异种质资源的重要手段,能够从不同尺度与维度评估种质资源的优异特性,具有无损自动成像、高效准确和经济效益等优点。本研究利用先进的无人机田间表型鉴定平台收集时序性冠层覆盖度数据,并对最大冠层覆盖度和封垄速度两个重要性状进行统计分析,从空间和时间维度上揭示了不同种质资源在田间的动态生长差异。通过对1129份大豆种质资源冠层覆盖度的精准鉴定与深入分析,筛选出21份在生长前期能够快速封垄以及在整个生育期能够积累更多生物量的优异种质。与赵朝森
我国地域辽阔,不同生态区的大豆种质资源数量繁多,且遗传背景差异较
本研究利用先进的无人机田间表型平台,收集1129份中国大豆种质资源的时序性冠层覆盖度数据,以具有丰富遗传变异和表型多样性的最大冠层覆盖度和封垄速度作为新的优异种质评价指标,最终筛选到21份具有更高冠层覆盖度和更快封垄速度的优异种质,为以江西省为代表的南方大豆种植区提供稳产、高产和环境适应性强的育种亲本骨干,为南方大豆“高产理想型”新品种选育奠定了方法和物质基础。
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