摘要:枸杞茄科枸杞属的重要经济植物，广泛分布于我国西北地区，环境适应性强。本研究分析了枸杞基因组中SSR的分布特征，并基于‘宁杞1号’全长转录组开发SSR分子标记，对28个枸杞种质进行遗传多样性分析和亲缘关系分析。用MISA软件搜索全长转录组中SSR位点，设计并筛选多态性好的SSR引物，对206对引物经过毛细管电泳筛选后最终选出23对引物对28个不同分布区的枸杞种质进行遗传多样性分析，遗传系数用非加权组平均法（UPGMA）聚类。23对引物共扩增得到240个等位基因，每个位点的等位基因数范围为4～17，Shannon信息指数最大值为1.177～2.487。期望杂合度和观测杂合度的范围分别为0.635～0.909和0.250～0.964。PIC的范围是0.58～0.902。 遗传距离聚类分析显示28份枸杞种质在相似系数为0.71时被分为四类，宁杞系列种质为Ⅰ类，天精系列和广东种质为Ⅱ类，黑果枸杞种质为Ⅲ类，Ⅳ类中只有枸杞岛种质。利用全长转录组序列可以高质量实现枸杞SSR标记开发，新开发的23对引物后续可用于枸杞种质遗传多样性分析和分子标记辅助育种工作。