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    • 基于SLAF-seq技术鉴定甘蓝型油菜叶缘裂刻性状候选基因

      涂玉琴, 张洋, 辛佳佳, 涂伟凤, 汤洁, 戴兴临

      2019, 20(2):426-435.DOI: 10.13430/j.cnki.jpgr.20180814002

      关键词:甘蓝型油菜; 叶缘裂刻; SLAF-seq; 候选基因
      摘要 (1617)HTML (0)PDF 16.62 M (3459)收藏

      摘要:叶缘裂刻性状是甘蓝型油菜遗传育种的理想形态标记。叶缘裂刻性状变异材料的创建对丰富甘蓝型油菜叶片形态和优良品种改良至关重要。本研究以甘蓝型油菜常规品种‘中双11’和甘蓝型油菜叶缘裂刻新品系‘Y176’为亲本(通过甘蓝型油菜与蔊菜远缘杂交获得),从F2群体中分别挑选出叶缘裂刻和正常叶形的植株各50株,构建了两个极端性状混池DNA文库,借助SLAF-seq-BSA技术,挖掘甘蓝型油菜叶缘裂刻性状相关候选基因。共开发出177,941个SLAF标签,通过分析SLAF 标签的多态性,共获得150,168个SNP,其中亲本间共获得128,200个SNP。对ED方法和SNP-index方法得到的关联区域进行综合分析,获得1个与目标性状紧密关联的候选区域,位于甘蓝型油菜A10染色体上的14,528,149~17,353,693区域,总长度为2.83 Mb,约有666个编码基因。与前人研究定位在同一染色体上,但本研究定位的区间与前人研究不同,说明本研究存在控制叶缘裂刻新基因的可能性大。并对该区域内基因进行功能注释,666个基因注释到NR数据库;517个注释到SwissProt数据库;587个注释到GO数据库;151个注释到KEGG通路;258个注释到COG数据库,对候选基因进行注释有助于进一步分离相关基因。

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  • 2019年1

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