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    • 普通烟草MATE基因家族分析及功能预测

      张艳艳, 王倩, 李晓旭, 孙亭亭, 龚达平, 杨明磊, 刘贯山

      2015, 16(6):1307-1314.DOI: 10.13430/j.cnki.jpgr.2015.06.024

      关键词:生物信息学分析;MATE家族;普通烟草
      摘要 (1942)HTML (0)PDF 20.69 M (2305)收藏

      摘要:摘要:植物多药和有毒化合物排出家族(multidrug and toxic compound extrusion,MATE)是一类可转运毒素、金属离子、次级代谢产物的次级转运蛋白家族。该家族主要在植物的解毒机制中发挥作用,部分成员也参与植物的形态建成过程。MATE家族在烟草基因组中的数量、特征及功能目前尚未开展系统分析。本研究利用生物信息学方法对普通烟草(Nicotiana tabacum)基因组中的MATE基因进行了预测分析,共预测到131个基因,分为4个亚家族。亚家族3在进化树中形成较为独立的分枝,其跨膜区数量、亚细胞定位、保守结构域方面与其他亚家族不同。转录组数据显示,相当一部分MATE家族基因在所有组织中低量表达。GO功能注释结果表明该家族成员主要作为一种转运体,在应激响应、生物调控等过程中发挥作用。本研究为烟草及其他植物中MATE家族的鉴定和功能研究提供了数据基础。

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  • 2015年1

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