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    • 玉米穗轴粗和出籽率全基因组预测分析

      马娟, 曹言勇, 朱卫红

      2021, 22(6):1708-1715.DOI: 10.13430/j.cnki.jpgr. 20210405002

      关键词:全基因组关联分析衍生标记;全基因组预测;基因组最佳线性无偏预测;再生核希尔伯特空间;贝叶斯A
      摘要 (741)HTML (0)PDF 2.07 M (2346)收藏

      摘要:穗轴粗和出籽率均是典型的数量性状,在不同程度上影响玉米产量。全基因组选择整合全基因组关联分析(GWAS,genome-wide association study)的先验信息是提高性状预测准确性的有效方法。本研究利用309份玉米自交系穗轴粗和出籽率表型和基因分型测序技术获得的基因型数据,研究基因组最佳线性无偏预测(GBLUP,genomic best linear unbiased prediction)、贝叶斯A(Bayes A)和再生核希尔伯特空间(RKHS,reproducing kernel Hilbert space)模型对2种GWAS方法即固定和随机模型交替概率统一(FarmCPU,fixed and random model circulating probability unification)和压缩混合线性模型(CMLM,compressed mixed linear model)衍生的不同密度标记集、随机选择标记集和所有标记对预测准确性的影响。对于2个性状FarmCPU和CMLM衍生标记集,3个预测模型间的预测准确性差异较小,变异范围介于0-0.03。对于随机标记集,相比其他2个模型的预测准确性,RKHS对穗轴粗可提高3.57%-15.91%,而3个预测模型对出籽率具有相似的预测效果。除了50和100个标记,3个模型利用CMLM衍生标记对2个性状的预测效果均优于FarmCPU。相比随机标记集,穗轴粗GWAS衍生标记的预测准确性可提高15.52%-88.37%;出籽率利用衍生标记可提高1-5.89倍。所有衍生标记集的预测准确性均高于所有标记。这些结果均表明,全基因组选择整合GWAS衍生标记有利于提高穗轴粗和出籽率的预测准确性。

    • 葡萄SAUR基因家族鉴定与生物信息学分析

      李傲, 崔梦杰, 陈珂, 许瀛之, 贾海峰, 房经贵

      2018, 19(2):326-337.DOI: 10.13430/j.cnki.jpgr.2018.02.016

      关键词:葡萄:SAUR基因家族; 系统进化; 功能预测; 基因表达; 定量PCR
      摘要 (1683)HTML (0)PDF 5.88 M (4926)收藏

      摘要:为了研究葡萄早期应答生长素基因SAUR (Small auxin-up RNA)家族,本文利用全基因组信息鉴定了葡萄64个SAUR家族成员,并对SAUR家族成员进行基因结构、氨基酸特性分析、染色体定位、基因进化,功能分析,以及组织表达分析。结果表明,葡萄全基因组上64个SAUR家族成员在19条染色体中的8条染色体上呈现簇状分布,主要分布在3、4号染色体上,其中3号染色体上数量最多为37个;葡萄SAUR家族基因长度较短,有59个基因是无内含子基因;蛋白理化特征分析显示, 多数SAUR蛋白呈碱性, 结构稳定性较差, 蛋白脂溶指数高, 呈亲水性;基因功能预测结果表明,葡萄SAUR基因主要担当生长因子,结构蛋白,转录,转录调控以及响应胁迫应答和免疫应答6种功能,其中更多参与生长调节功能;根据系统进化分析将其分为10个分支,另外不同组织表达谱的分析结果表明SAUR基因家族成员具有不同的组织表达模式,对于非生物胁迫具有一定的调节作用。这些信息为葡萄SAUR基因家族功能分析奠定了一定的工作基础。

    • 植物microRNA的生物信息学预测与分析

      蔡蕊, 未晓巍, 武慧, 王婷婷, 周晓馥, 徐洪伟

      2013, 14(3):565-570.DOI: 10.13430/j.cnki.jpgr.2013.03.030

      关键词:植物miRNA;生物信息学;靶基因;数据库;预测
      摘要 (2629)HTML (0)PDF 1.86 M (4012)收藏

      摘要:microRNAs(miRNAs)是一类广泛存在于真核生物中调控基因转录后表达的非编码小分子RNA。大量研究表明,miRNA在调节多种生物途径中起着重要的作用,采用生物信息学方法预测与分析miRNA是当前发现和鉴定植物miRNA的重要策略之一。研究内容总结了生物信息学预测植物miRNA及其靶基因的方法策略,阐述了生物信息学在植物miRNA研究中的重要作用,为今后的研究奠定了基础。

    • 《遗传资源获取与惠益分享的名古屋议定书》核心内容解读及其生效预测

      徐 靖, 李俊生, 薛达元, 银森录

      2012, 13(5):720-725.DOI: 10.13430/j.cnki.jpgr.2012.05.005

      关键词:名古屋议定书;  遗传资源;  获取与惠益分享;  核心内容; 生效; 预测
      摘要 (2530)HTML (0)PDF 1.34 M (4650)收藏

      摘要:《生物多样性公约》缔约方大会第十次会议通过的《生物多样性公约关于遗传资源获取和公平公正地分享由遗传资源利用产生惠益的名古屋议定书》是实现《生物多样性公约》确保公平公正的分享因利用遗传资源而产生的惠益目标的里程碑式文件,将从多个方面对国际社会产生影响。对议定书进行解读、分析和评估对于决定是否签署和批准议定书的至关重要。根据分析,议定书核心内容分为遵守、公平公正的惠益分享、遗传资源的获取、术语、范围、特殊考虑和与遗传资源相关的传统知识等七个方面,本文对这些核心内容进行了解读,分析了其影响,预测了议定书的生效的可能性,并提出了应对措施。

    • 分子标记遗传效应预测杂交水稻产量性状

      查仁明, 杨正林, 赵芳明, 桑贤春, 凌英华, 谢戎, 何光华

      2010, 11(1):72-77.DOI: 10.13430/j.cnki.jpgr.2010.01.013

      关键词:预测模型;分子标记;遗传效应;产量;杂交水稻
      摘要 (2730)HTML (0)PDF 517.39 K (3355)收藏

      摘要:选用13个水稻不育系和19个恢复系按NCⅡ设计配制两套不完全双列杂交组合151个,2005年分别在重庆和泸州种植,结合AFLP和SSR标记位点的遗传效应,预测7个产量性状值。用两套组合F1产量性状对标记多态性位点进行筛选,获得阳性位点和增效位点及其加性和(或)显性效应值,通过逐步回归构建分子标记遗传效应预测产量性状模型,并对不同亲本组合(套间预测)及固定亲本组合产量性状进行了预测。结果表明:(1)阳性和增效位点进行套间预测的效果,绝大多数不理想(预测值与实际值的相关系数为-0.55~0.45),且预测效果不稳定;(2)阳性和增效位点对第二套固定亲本组合的预测效果相近,均优于套间预测,其中对固定恢复系组合的预测好于对固定不育系;(3)对固定亲本组合大部分产量性状的预测达到较理想水平,其中增效位点对固定不育系组合结实率、固定恢复系组合有效穗数、阳性位点对固定恢复系组合穗着粒数、单穗重的预测在0.6以上。用分子标记遗传效应预测产量性状,只需少数标记,应用方便,特别是对水稻育种亲本选配具有重要指导意义。

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  • 2013年1
  • 2012年1
  • 2010年1

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