采用ISSR分子标记对来自9省的66份苦荞种质的遗传多样性进行分析，结果表明，18条ISSR引物共扩增出531条带，平均29．5个；其中多态性带514个，平均28．5个，多态率高迭96．8％。Nei＇s遗传相似系数在0．39～0．93之间。UPG-MA聚类分析显示，贵州地方品种、湖北地方品种和云南地方品种之间有明显的遗传差异。来自不同省的改良品种在遗传上有较高的相似性，并发现了4个独特的基因型，即来自云南的昆明灰苦荞、贵州的六养2号、湖北的神农架苦荞和湖南的凤凰苦荞，这几份材料在遗传上与其他材料具有很大的差别。云南地方品种闯的遗传差异较大，其次是贵州地方品种，湖北地方品种间遗传差异相对较小。ISSR分析结果显示，苦荞遗传多样性丰富，表明可以用ISSR对苦荞进行分子水平的鉴定和遗传多样性分析。