黄褐棉是棉属5个四倍体棉种之一，利用荧光原位杂交技术将45S rDNA定位在黄褐棉2、4、9号染色体，2号染色体上的45S rDNA特别大，信号位于随体并覆盖了染色体的短臂，比二倍体和四倍体棉种的45SrDNA都要大得多；另外的2对信号很小，形状与陆地棉中的弱信号类似。黄褐棉的核型公式为：2n=4x=52=50m（2SAT）＋2sm，属于2B类型，第2对染色体为亚中着丝粒染色体，其余都为中部着丝粒染色体。黄褐棉的核型、随体数、45S rDNA与其他四倍体棉种区别很大，黄褐棉是一个非常特殊的四倍体棉种。